大部分人类感染了一种奇特的病毒，这种病毒导致了人类濒临灭绝的边缘，只剩下为数不多的人类苟延残喘，你能想象这些病毒竟然是十二只猴子研制的吗？自从1996年开始，人们就被这种病毒侵袭，为了解救人类，科学家通过寻找志愿者穿梭时空的方法查明猴子的来历。其中一个名叫詹姆斯.科尔的死囚成为了志愿者，但时空机出现了偏差，将詹姆斯送去了1990年，此时的人们还没有感染病毒。詹姆斯希望通过自己的努力和对未来病毒的阐述，让人们提前防备杜绝灾难的发生，可没有人相信他，不仅如此，他还被当做了精神病关在了医院里。

在医院里，詹姆斯认识了病友杰弗里，在他的帮助下回到了未来。

可由于病毒的原因没有找到，詹姆斯再次坐上时空机回到1996年，根据记忆里的线索，詹姆斯调查到这个病毒，竟然和当年的病毒专家有着密不可分的关系。