《攻壳机动队：崛起1》是一部充满谜团和惊险的科幻电影，讲述了发生在攻壳机动队成立之前的重要事件。影片的故事背景设定在2027年，一名隶属陆军机密部队的军官真室中佐，在闹市街头不幸遇害。他的死亡涉及到之前的贿赂丑闻，以及隐藏的许多秘密。

影片的主要角色之一是公安9课的课长荒卷大辅和生化人草薙素子。荒卷大辅试图取回真室中佐的电子脑，而草薙素子则是一名负责网络犯罪追查的军人。两人在真室中佐的墓地相遇，开始了一场危险的调查之旅。他们的目标是为中佐洗清冤屈，同时揭示背后的真相。

随着调查的深入，草薙素子逐渐与其他角色相遇，包括前特种部队成员巴特和新滨县刑警陀古萨。这个团队将一起揭开案情的重重谜团，同时也面临着未知的危险。